Durante la sua prima Presidenza (15 maggio 2006 - 22 aprile 2013), il Presidente Napolitano ha adottato 23 provvedimenti di clemenza individuale. Di essi, 6 sono stati emessi nel primo anno del settennato; 7 nel secondo; 2 nel terzo; 1 nel quarto; 1 nel quinto; 2 nel sesto; 4 nel settimo.

Si è trattato di 6 decreti di grazia per pene detentive temporanee; 2 decreti di grazia per pena detentiva temporanea e la pena accessoria della interdizione dai pubblici uffici; 10 decreti di grazia per la pena accessoria della interdizione dai pubblici uffici; 1 decreto di grazia per pena detentiva temporanea (reclusione militare) relativa a reato militare (diserzione); 3 decreti di commutazione della pena detentiva in pena pecuniaria; 1 decreto di grazia per pena detentiva temporanea e pena pecuniaria (tabelle 1 e 2 e grafico 2). Non è stato dunque emesso alcun decreto di grazia per condannati all'ergastolo. Non sono stati poi emessi decreti di grazia relativi esclusivamente a pene pecuniarie. Non sono state infine concesse grazie parziali (anche a ragione della concessione dell'indulto: L. 31 luglio 2006, n. 241).

Nessuno dei provvedimenti di grazia è stato adottato su difforme avviso del Ministro competente e solo in tre casi il Capo dello Stato ha ritenuto di non dover concedere la grazia pur se il Ministro aveva espresso avviso favorevole.
Cinque decreti sono stati emessi in assenza di domanda o proposta. Quattro di essi per la sola pena accessoria; uno per la pena detentiva temporanea e per la pena accessoria.

Al 22 aprile 2013 i provvedimenti di clemenza individuali dei Capi dello Stato risultano essere 42.316 di cui (almeno) 3.651 per reati militari (grafico 4).
Dal 15 maggio 2006 al 22 aprile 2013, sono state sottoposte all'attenzione del Presidente Napolitano sia le pratiche che hanno dato luogo all'adozione dei 23 provvedimenti di grazia sia altre 2.438 domande o proposte di grazia oppure di commutazione di pene. Di esse 1.603 sono state rigettate (5 per reati militari) e 835 archiviate o "poste agli atti" (1 per reato militare). Nel primo anno del settennato ne sono state rigettate o poste agli atti 294; nel secondo, 325; nel terzo, 288; nel quarto, 366; nel quinto, 509; nel sesto 338; 318 nel settimo (tabelle 3 - 4, grafico 1 e grafico 3).

In 227 ulteriori casi, l'archiviazione della pratica è stata disposta direttamente dall'Ufficio. E' accaduto quando la domanda di clemenza era palesemente priva dei requisiti che potevano consentirne la trattazione (per esemplificare, domande provenienti da soggetti non legittimati, domande prive di sottoscrizione, domande del tutto generiche la cui finalità non è stata chiarita dall'interessato pur dopo sollecitazione da parte dell'Ufficio).

Durante la prima Presidenza Napolitano, quindi, sono state trattate e definite n. 2.688 pratiche di grazia o commutazione di pena (grafico 1).