Nell'ambito dell'organizzazione del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica le materie che sono oggi di competenza del Servizio intendenza furono per anni accorpate a quelle del Patrimonio. Il D.P. 9 nov. 1948, n. 4, istituisce infatti l'Ufficio amministrazione e patrimonio, articolato in tre Divisioni: la Divisione II si occupa di inventari mobiliari e immobiliari; appartamenti e custodia; vestiario personale; magazzino materiali; viaggi e soggiorni del Presidente della Repubblica fuori della Capitale e liquidazione delle relative spese; servizio cacce; giardini e Tenuta di Castelporziano; economato; servizio automobilistico e ferroviario; servizio di tavola; servizio di posta, telegrafo e telefono. Le altre due divisioni erano Divisione I-Amministrazione del personale e Divisione III-Ragioneria.
Il D.P. 22 ago. 1955, n. 6, del Presidente Gronchi, distribuisce le amplissime competenze dell'Ufficio amministrazione e patrimonio in sei Divisioni e un Ufficio riscontro. Le competenze dell'attuale Intendenza erano gestite dalla Divisione III: custodia, anticamera e camera, guardaportoni, servizio della Casa Presidenziale, telefoni poste e telegrafi, servizio viaggi, servizi automobilistici. Due anni dopo, con il D.P. 28 feb. 1957, n. 39, compare per la prima volta la denominazione Ufficio intendenza e servizi vari (con le stesse funzioni della precedente Divisione III), sempre dipendente dal Servizio amministrazione e patrimonio.
All'inizio della Presidenza Saragat, il D.P. 1° mar. 1965, n. 5, aumenta ancora le competenze del Servizio amministrazione e patrimonio, inquadrando in esso anche la Segreteria presidenziale, l'Ufficio tecnico e l'Ufficio assistenza. La materia dell'Intendenza rimane invariata e attribuita all'Ufficio intendenza e servizi vari del Servizio amministrazione e patrimonio.
L'organizzazione interna del Segretariato rimane immutata per tredici anni; nell'ultimo anno della Presidenza Leone viene emanato il D.P. 6 feb. 1978, n. 88, che equipara tutti i Servizi sotto il coordinamento di un Vice Segretario generale. E' così istituito un Servizio intendenza autonomo, per la prima volta separato dal Patrimonio, competente per servizi della Casa presidenziale; custodia del patrimonio artistico e degli arredamenti; coordinamento logistico in occasione di cerimonie e soggiorni; doni; viaggi presidenziali; servizi telefonici, postali, automobilistici; servizi di tavola; accessi e visite al Palazzo.
Con la Presidenza Pertini l'organizzazione interna del Segretariato è rivista con il D.P. 24 giu. 1980, n. 36, che contiene varie innovazioni tra le quali l'accorpamento delle strutture di supporto in un unico Servizio, il Servizio patrimonio, provveditorato e intendenza, articolato in tre uffici, uno dei quali è l'Ufficio intendenza, con le stesse competenze del precedente Servizio intendenza.
L'ordinamento generale del Presidente Cossiga, emanato con D.P. 30 ott. 1985, n. 9, cambia semplicemente il nome dell'Ufficio in Divisione intendenza. Nel successivo D.P. 10 apr. 1986, n.4/N, invece, si ripristina e questa volta definitivamente tranne una brevissima, recente interruzione, l'autonomia del Servizio intendenza, con le competenze precedenti, aumentate da quella sulle telecomunicazioni. Quest'ultima materia cresce di importanza durante il settennato di Cossiga tanto da essere attribuita a un nuovo, autonomo Servizio per le telecomunicazioni con il D.P. 5 mag. 1990, n. 80/N.
Con il D.P. 5 ott. 1990, n. 87/N, per tre anni, al Servizio intendenza viene accorpata anche la materia relativa alle Tenute e ai Giardini, risultando così articolato: Divisione servizi generali, Divisione giardini, Divisione tenute, Direzione tecnico-agraria della Tenuta di Castelporziano e Direzione tecnico-agraria della Tenuta di San Rossore.
Questa situazione particolarissima cessa con il D.P. 18 dic. 1993, n. 32/N, emanato dal Presidente Scalfaro, che restituisce al Servizio intendenza le sue tradizionali competenze, affidate a un'unica Divisione servizi generali, e crea per il restante settore un apposito Servizio tenute e giardini. Nell'ordinamento generale approvato con D.P. 24 lug. 1996, n. 83/N, vengono confermate per il Servizio intendenza le competenze afferenti alla Divisione servizi generali. Nel 1999 le principali funzioni del Servizio intendenza vengono organizzate in 11 Settori (unità dotate di una certa autonomia ma sempre dipendenti dal Servizio): Settore accettazione e recapito corrispondenza; Settore anticamera; Settore autoparco e officina; Settore autorimessa; Settore cucina; Settore custodia Palazzina presidenziale; Settore custodia del Palazzo del Quirinale e fabbricati annessi; Settore custodia di Castelporziano; Settore custodia di Villa Rosebery; Settore guardaportoni; Settore tavola. Proprio nel 1999 la Tenuta di San Rossore viene restituita al Demanio, che la concede in gestione alla Regione Toscana.
Durante la Presidenza Ciampi, con il D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, le competenze del Servizio intendenza vengono così ridefinite: custodia del patrimonio mobiliare del Palazzo del Quirinale; servizi logistici generali; servizi per cerimonie, soggiorni e viaggi presidenziali; doni; servizi di tavola; servizi automobilistici; accessi e visite al Palazzo del Quirinale; recapito corrispondenza; anticamera e ingressi.
Durante il mandato di Napolitano, per un brevissimo periodo si ripete quell'unione di Patrimonio e Intendenza già sperimentata in passato. Con il D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, infatti, è stato creato un Servizio patrimonio e intendenza che ha unito le competenze precedenti, nelle quali sono di nuovo incluse anche quelle sulle telecomunicazioni. Dopo pochi mesi, con D.P. 31 lug. 2009, n. 45/N, si è tornati alla separazione dei due Servizi e l'area delle Telecomunicazioni è rimasta nell'ambito dell'Intendenza.