L'Ufficio di Segreteria del Presidente deriva dalla figura del Segretario privato, istituita con D.P. 9 nov. 1948, n. 5, dal Presidente Einaudi con il compito di attendere alla corrispondenza privata del Presidente e ad ogni particolare mansione che non rientri nelle competenze del Segretario generale, a norma dell'art. 3 della L. 9 ago. 1948, n. 1077, e del D.P. 9 nov. 1948, n. 4, relativo all'organizzazione del Segretariato generale.
Diventa Segreteria particolare del Presidente nel settennato Gronchi con il decreto del 1955 ed è confermata con il successivo decreto del 1957.
Viene unita, durante la Presidenza Saragat, alla Stampa, dando vita al Servizio stampa e Segreteria particolare del Presidente: il D.P. 1° mar. 1965, n. 5, oltre a definirne le competenze relative alla stampa, tra cui quella di documentazione dell'attività del Presidente, stabilisce che il Servizio ha compiti di Segreteria particolare del Presidente, che cura anche i rapporti con la Segreteria presidenziale per la parte relativa al carteggio presidenziale. Lo stesso decreto istituisce anche l'Ufficio del Segretario particolare del Presidente: già dal 1° gennaio dello stesso anno era stato conferito l'incarico di Segretario particolare a Stelio Zerbini, cui subentra l'8 aprile 1968 Costantino Belluscio.
Durante la Presidenza Leone la Segreteria particolare, con D.P. 6 feb. 1978, n. 88, torna ad essere una struttura autonoma denominata Servizio di Segreteria particolare del Presidente, con le stesse funzioni.
Durante la Presidenza Pertini il D.P. 24 giu. 1980, n. 36, fa solo riferimento alla figura del Segretario particolare del Presidente della Repubblica, senza alcun cenno a un ufficio di Segreteria.
Con la Presidenza Cossiga, nell'ambito della distinzione tra uffici e servizi, viene istituito tra gli uffici il Gabinetto del Presidente, che provvede al calendario degli impegni pubblici e privati del Presidente, a contributi assistenziali ed elargizioni varie riservate, ad affari e relazioni riservate del Presidente in collegamento con il Gabinetto del Segretario generale, alla trattazione in collaborazione con l'Ufficio cerimonie e patronato di particolari istanze di cittadini e comunità che il Presidente si riserva: in base al D.P. 30 ott. 1985, n. 9, il Gabinetto include la Segreteria particolare e la Segreteria personale. Il successivo D.P. 30 gen. 1986, n. 25, disciplina la figura del Segretario particolare che, nell'ambito del Gabinetto del Presidente, dirige la Segreteria particolare, le cui competenze riguardano: trattazione della corrispondenza personale e non connessa all'esercizio delle funzioni istituzionali, gestione e redazione dei messaggi relativi a eventi, ricorrenze, celebrazioni e commemorazioni, in relazione ai quali il Presidente partecipa in via personale e privata, ricezione, raccolta e catalogazione dei doni inviati al Presidente e classificati come doni privati a norma del D.P. 26 nov. 1985, n. 15, redazione materiale, raccolta e repertorio dei discorsi ufficiali del Presidente. La Segreteria particolare del Presidente, riunita alla Segreteria personale, riacquista autonoma dignità con il D.P. 5 ott. 1990, n. 87/N: disbriga gli affari personali e privati del Presidente, la sua corrispondenza personale e privata ed espleta gli altri compiti di carattere personale e riservato che le siano affidati dal Presidente; è diretta dal Segretario particolare e svolge la sua attività sotto la sovrintendenza del direttore del Gabinetto del Presidente.
Il Presidente Scalfaro, con D.P. 28 mag. 1992, n. 1/N, sopprime il Gabinetto del Presidente, istituendo in suo luogo la Segreteria generale, e al posto dell'ufficio denominato Segreteria particolare e segreteria privata del Presidente istituisce la Segreteria particolare del Presidente, confermandone in sostanza le funzioni: è diretta dal Segretario particolare e svolge le sue attività in collaborazione con l'Ufficio della segreteria generale e con il Gabinetto del Segretario generale.
Nel maggio 1999 (D.P. 21 mag. 1999, n.1/N), durante la Presidenza Ciampi, la Segreteria particolare diventa Segreteria del Presidente per il disbrigo degli affari privati e la trattazione del carteggio del Presidente non strettamente connesso con lo svolgimento delle funzioni istituzionali; ha anche compiti di studio e di elaborazione affidati dal Presidente e collabora con l'Ufficio della segreteria generale e con il Gabinetto del Segretario generale. Il capo della Segreteria del Presidente può essere scelto tra i consiglieri del Presidente. Il decreto disciplina anche la figura del Segretario particolare, di cui il Presidente può avvalersi per compiti di personale ausilio e raccordo e per l'espletamento di affari di natura riservata: ordina il flusso del carteggio destinato al Presidente ed è responsabile del coordinamento della segreteria telefonica. Di fatto, la Segreteria del Presidente svolge una pluralità di compiti che verrano formalizzati con D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, in base al quale diventa Ufficio di Segreteria del Presidente le cui attribuzioni riguardano la predisposizione della corrispondenza affidata dal Presidente, la raccolta di documentazione per l'attività del Presidente, il coordinamento organizzativo dei viaggi del Presidente in Italia e all'estero, l'organizzazione di un archivio centralizzato per la conservazione della documentazione degli impegni istituzionali e, più in generale, dell'attività del Presidente. Collabora con l'Ufficio della Segreteria generale e con il Gabinetto del Segretario generale nelle materie di rispettiva competenza.
Durante la Presidenza Napolitano, in base al D.P. 29 lug. 2008, n. 22/N, l'Ufficio di segreteria del Presidente predispone l'agenda istituzionale del Presidente, d'intesa con l'Ufficio della segreteria generale e in collaborazione con i consiglieri competenti e il Servizio del cerimoniale; cura l'istruttoria e il coordinamento organizzativo dei viaggi e assistenza al Presidente nei viaggi, nelle udienze e incontri; predispone e gestisce la banca dati relativa a udienze e viaggi del Presidente e l'archivio centralizzato per la conservazione della documentazione relativa agli impegni e alle attività istituzionali del Presidente, il diario informatico, consultabile online, dei dati e documenti relativi agli impegni istituzionali assolti dal Presidente; gestisce gli affari del Presidente; cura e smista la corrispondenza; tiene l'agenda degli impegni personali.