Fin dal 1948, i servizi espletati dall'Ispettorato generale di Pubblica sicurezza e dallo Squadrone carabinieri guardie del Presidente risultano dipendenti dal Segretario generale.
Il D.P. 28 feb. 1957, n. 39, del Presidente Gronchi stabilisce esplicitamente che l'Ispettorato generale di P.S. e lo Squadrone carabinieri guardie del Presidente fanno parte del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica.
Tale disposizione viene confermata durante la Presidenza Saragat con D.P. 1° mar. 1965, n. 5.
Con D.P. 6 feb. 1978, n. 88, del Presidente Leone, vengono così definite le competenze dell'Ispettorato generale di P.S. e del Gruppo squadroni carabinieri guardie: svolgono i loro compiti di istituto relativi alla sicurezza della persona del Presidente della Repubblica e delle residenze presidenziali.
Dopo una prima conferma con D.P. 24 giu. 1980, n. 36, il Presidente Pertini ridefinisce le competenze, con D.P. 29 dic. 1980, n. 45, in base al quale la sicurezza della persona del Presidente della Repubblica e la vigilanza e sicurezza delle residenze presidenziali sono affidati alle seguenti unità militari di pubblica sicurezza poste alle dipendenze del Segretario generale: Ispettorato generale di P.S., Comando carabinieri guardie del Presidente della Repubblica, Nucleo carabinieri presidenziali; l'impiego e il coordinamento delle predette unità è devoluto al Consigliere militare del Presidente della Repubblica che ne risponde al Segretario generale. Dopo due anni, con D.P. 10 gen. 1982, n. 71, le attribuzioni del Consigliere militare vengono limitate al coordinamento, venendo meno il riferimento all'impiego delle unità.
Durante la Presidenza Cossiga - ferma restando all'Ufficio per gli affari militari la predisposizione per la difesa del Palazzo del Quirinale e al Consigliere militare, per delega del Segretario generale e secondo sue direttive e istruzioni, la sovraintendenza funzionale e d'impiego del Comando carabinieri guardie del Presidente e delle Guardie d'onore - si attua, con D.P. 30 ott. 1985, n. 9, una radicale riforma che affida i Servizi di protezione e sicurezza alla Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza della Presidenza della Repubblica, secondo le disposizioni del D.P.R. 14 ago. 1985 (non numerato): ad essa spetta l'espletamento dei servizi di protezione e sicurezza del Presidente, del Segretariato generale e degli immobili della dotazione. La protezione diretta e immediata del Presidente all'interno del Quirinale, nonché la protezione ed il presidio del Palazzo, sono affidati al Comando carabinieri guardie del Presidente della Repubblica. La Sovraintendenza centrale e il Comando carabinieri guardie del Presidente della Repubblica dipendono funzionalmente dal Segretario generale, o da autorità da lui delegata, ed esercitano i loro compiti in conformità alle direttive ed istruzioni da dette autorità impartite. Questa organizzazione dei Servizi di protezione e sicurezza viene in sostanza confermata dal successivo D.P. 20 apr. 1990, n. 79/N, ma viene conferito, per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni, al Consigliere per gli affari interni la direzione funzionale e di impiego della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza e del Comando carabinieri guardie del Presidente. Con D.P.R. 28 gen. 1991, n. 39, viene approvato il regolamento dei Servizi di protezione e sicurezza della Presidenza della Repubblica. L'assegnazione al Ministero dell'interno (autorità nazionale di pubblica sicurezza) delle competenze in materia di protezione e sicurezza della Presidenza della Repubblica discende dall'art. 1 della L. 1° apr. 1981, n. 121, sul nuovo ordinamento dell'amministrazione della pubblica sicurezza; dell'art. 3 del D.P.R. 24 apr. 1982, n. 340, sull'ordinamento del personale del Ministero dell'interno; degli artt. 52 e 54 del regolamento organico per l'Arma dei carabinieri, approvato con R.D. 14 giu. 1934, n. 1169, e successive modifiche, nonché dell'art. 3 della L. 23 lug. 1985, n. 372, concernente la rivalutazione dell'assegno personale e della dotazione del Presidente della Repubblica. La Sovraintendenza centrale per i servizi di sicurezza della Presidenza della Repubblica è organo del Ministero dell'interno, ma per quanto attiene al suo speciale impiego dipende funzionalmente dal Segretario generale e dall'autorità civile del Segretariato generale da questo delegata. Alla Sovraintendenza è preposto un prefetto nominato con decreto del Presidente della Repubblica, su proposta del Ministero dell'interno; per l'esercizio delle proprie attribuzioni si avvale della Sovraintendenza centrale e del Reggimento carabinieri guardie del Presidente della Repubblica; collabora strettamente e mantiene un continuo collegamento con il Segretario generale, con l'autorità civile da lui delegata, con il Consigliere militare del Presidente della Repubblica e con il capo dell'Ufficio speciale di sicurezza del Segretariato generale. Spetta alla Sovraintendenza centrale la protezione diretta e immediata del Presidente, della sua famiglia, di autorità del Segretariato generale e del Segretariato generale nonché la protezione, la vigilanza e il presidio di polizia degli immobili in dotazione e residenze, anche temporanee. All'interno del Quirinale la protezione diretta e immediata del Presidente, della sua famiglia, di personalità e autorità estere ospiti, nonché la protezione, vigilanza e presidio di polizia nel Palazzo spetta al Reggimento corazzieri, alle dipendenze funzionali del prefetto direttore della Sovraintendenza centrale.
Durante le presidenze Cossiga, Scalfaro e Ciampi la carica di prefetto a capo della Sovraintendenza centrale è unita nella persona del Consigliere per gli affari interni, cui è assegnata la predisposizione della difesa del Palazzo del Quirinale nonché, su delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni, la direzione funzionale e di impiego della Sovraintendenza centrale e del Reggimento corazzieri.
Tali funzioni vengono sottratte con D.P. 30 dic. 2008, n. 35 N, del Presidente Napolitano al Consigliere per gli affari interni e i rapporti con le Autonomie e questo incarico viene conferito a persona diversa dal prefetto preposto alla Sovraintendenza centrale, salvo riunificazione personale delle due cariche sul finire del mandato presidenziale.
La Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza è articolata in un Ufficio di direzione, un Ufficio presidenziale polizia di Stato, e un Reparto carabinieri Presidenza della Repubblica.