Nell'aprile 2002 viene conferito, nell'ambito dell'Ufficio per gli affari giuridici e per le relazioni costituzionali, un incarico di consulenza per i problemi della giustizia a un magistrato, Loris D'Ambrosio, che svolge funzioni che confluiranno poi nell'Ufficio per gli affari dell'amministrazione della giustizia, istituito con D.P. 31 mag. 2006, n. 1/N. Questo Ufficio, cui viene preposto lo stesso D'Ambrosio, ha competenze in materia di grazie e commutazione delle pene e per i rapporti con il Consiglio superiore della magistratura, già appartenenti all'Ufficio per gli affari giuridici e le relazioni costituzionali. Le competenze dell'Ufficio per gli affari dell'amministrazione della giustizia riguardano i rapporti con il Consiglio superiore della magistratura; affari relativi all'amministrazione della giustizia; concessione delle grazie e commutazione delle pene; istruttoria, in collegamento con l'Ufficio per gli affari giuridici e le relazioni costituzionali, relativa ai disegni di legge governativi da autorizzare, alle leggi da promulgare, ai decreti da emanare in materia di giustizia.