L'autonomia amministrativa del Segretariato generale esclude l'esercizio di un controllo esterno, ma fin dal 1948 con il Presidente Einaudi, in base a D.P. 9 nov. 1948, n. 4, si istituisce una funzione di Riscontri e controlli, nell'ambito della Divisione III - Ragioneria dell'Ufficio amministrazione e patrimonio, per garantire una maggiore regolarità e garanzia della gestione finanziaria e patrimoniale della dotazione presidenziale. Tale funzione viene confermata con l'ordinamento del 1949.
Il Presidente Gronchi, con D.P. 22 ago. 1955, n. 6, istituisce all'interno dell'Ufficio amministrazione e patrimonio l'Ufficio riscontro, che diventa autonomo nel nuovo ordinamento approvato con D.P. 28 febbraio 1957, n. 39.
Il Presidente Saragat, con D.P. 1° mar. 1965, n. 5, conferma l'ufficio ora denominato Servizio riscontro, che si occupa del controllo sui contratti e su tutte le spese non fisse dell'amministrazione e della sovrintendenza ai lavori di ordinaria e straordinaria manutenzione dei beni immobili della dotazione del Presidente. Con D.P. 30 mar. 1965, n. 8, viene nominato un ispettore generale del Ministero dei lavori pubblici a capo del Servizio per il controllo generale sui contratti e su tutte le spese non fisse dell'amministrazione e per la sovrintendenza ai lavori di ordinaria e straordinaria manutenzione dei beni immobiliari della dotazione della Presidenza della Repubblica.
Il D.P. 6 feb. 1978, n. 88, del Presidente Leone stabilisce che il controllo contabile sulle spese non fisse dell'amministrazione è esercitato dall'Ispettore al riscontro.
Durante la Presidenza Pertini, con D.P. 24 giu. 1980, n. 36, viene istituito il Magistrato per il controllo di legittimità di tutti gli schemi di contratti e dei provvedimenti amministrativi predisposti dai servizi del Segretariato generale, che viene presto soppresso con D.P. 1° set. 1980, n. 41: la funzione è ricondotta al nuovo Ufficio riscontro, nell'ambito del Servizio ragioneria riscontro e tesoreria, e viene così riformulata: riscontro preventivo degli atti che comportino oneri a carico del bilancio. Lo stesso decreto presidenziale 36/1980 istituisce un ulteriore organo di controllo, l'Ispettore al bilancio, incaricato di redigere la relazione sul bilancio preventivo e consuntivo, relazioni trimestrali sull'andamento gestionale del bilancio per rilevarne l'aderenza alle previsioni e relazioni su eventuali proposte di integrazione. Anche l'Ispettore al bilancio è soppresso con il decreto presidenziale 41/1980, ed è sostituito dall'Organo di controllo, affidato a un dirigente generale del Ministero del tesoro, che svolge le stesse competenze, ma in conformità alle attribuzioni ad esso devolute dal Regolamento di contabilità. Le decisioni del Presidente Pertini fanno seguito alla sentenza della Corte costituzionale, emessa in seguito a un ricorso presentato dagli organi costituzionali (Presidenza della Repubblica, Camera dei deputati e Senato) contro i decreti della Corte dei conti del 1979, che prescrivevano, entro il termine di 6 mesi, ai suddetti organi la presentazione dei conti relativi alla loro gestione per gli esercizi 1966-1977. Tale sentenza ribadisce il principio dell'autonomia amministrativa e contabile degli Organi costituzionali e il potere di autoregolamentazione.
Il D.P. 30 ott. 1985, n. 9, del Presidente Cossiga modifica la denominazione in Divisione riscontro del Servizio ragioneria riscontro e tesoreria e conferma l'Organo di controllo, che esercita il controllo sulla gestione del bilancio del Segretariato generale in conformità alle attribuzioni ad esso devolute dal Regolamento di contabilità, includendolo tra i Servizi amministrativi con D.P. 25 apr. 1992, n. 113/N.
Il Presidente Scalfaro, con D.P. 18 dic. 1993, n. 32/N, apporta una rilevante modifica sostituendo all'Organo di controllo l'Ispettore al bilancio, che esercita il controllo di gestione sul bilancio ed effettua la verifica di legittimità contabile sulle proposte di spese non fisse: viene più in particolare ristabilita la posizione di 'terzietà' rispetto ai Servizi amministrativi che, nelle varie denominazioni succedutesi dalla riforma di Pertini in poi, aveva contraddistinto la funzione di controllo contabile fino all'emanazione, durante la Presidenza Cossiga, del decreto presidenziale 113/N del 1992, che ne disponeva invece l'inclusione fra i Servizi. Alla competenza dell'Ispettore al bilancio è riassegnata la verifica preventiva di legittimità contabile delle spese non fisse, oltre alla conferma delle attribuzioni in materia di bilancio e di controllo della gestione finanziaria: viene di conseguenza soppressa la Divisione riscontro del servizio, ora denominato Servizio ragioneria e tesoreria.
Il D.P. 24 lug. 1996, n. 83/N, del Presidente Scalfaro così definisce le attribuzioni dell'Ispettore al bilancio: controllo di gestione nelle fasi di predisposizione, di attuazione e di rendicontazione del bilancio del Segretariato generale, secondo quanto previsto dal Regolamento di contabilità; verifica in via preventiva della regolarità della documentazione e della procedura contabile di tutte le proposte di spese non fisse che comportino oneri a carico del bilancio; presentazione, a conclusione dell'attività di controllo, della relazione sul bilancio preventivo e sul conto consuntivo, nonché delle relazioni trimestrali sulla gestione del bilancio e sulla regolarità delle scritture contabili.
Con D.P. 7 dic. 1999, n. 8/N, il Presidente Ciampi conferma l'Ispettore al bilancio, nominato per la durata di cinque anni fra gli appartenenti alle supreme magistrature amministrative o fra dirigenti di livello dirigenziale generale ed esperti, posto alle dirette dipendenze del Segretario generale. Esercita il controllo di gestione nella fase di rendicontazione del bilancio e presenta, a conclusione della propria attività di controllo, la propria relazione; svolge le altre funzioni ad esso demandate dal Regolamento di contabilità; promuove la verifica di cassa e riferisce al Segretario generale, con apposita relazione trimestrale, sull'andamento della gestione, sulla regolare tenuta delle scritture contabili, sulla regolare tenuta degli inventari. Con D.P. 10 dic. 2001, n. 29/N, il Presidente Ciampi sostituisce all'Ispettore al bilancio un organo collegiale, il Collegio dei Revisori, che dura in carica tre anni ed è composto di tre membri, un magistrato appartenente alle supreme magistrature amministrative che lo presiede, un dirigente di livello dirigenziale generale e un professore universitario ordinario di contabilità pubblica o discipline similari. Per il disbrigo dei compiti di segreteria e per la conservazione degli atti il Collegio dei revisori si avvale del Servizio studi, documentazione amministrativa e contenzioso.
Il Collegio dei Revisori effettua la verifica di regolarità contabile sulla gestione, redige la relazione semestrale sull'andamento della gestione, redige la relazione al conto consuntivo e, su richiesta del Segretario generale, presta specifica consulenza sulle materie di competenza.
Il Presidente Napolitano, con D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, affianca al Collegio dei revisori una Unità speciale per la verifica ed il controllo della spesa per i beni e i servizi, che assiste il Vice Segretario generale amministrativo e ha competenza sull'esame istruttorio della documentazione trasmessa dai centri di spesa al Vice Segretario generale amministrativo e al Segretario generale, verifica la regolarità formale degli atti e delle decisioni di spesa di Uffici e Servizi, predispone relazioni a carattere periodico in ordine all'attività di verifica svolta e all'efficienza complessiva di gestione. Inoltre ha compiti di segreteria del Collegio dei Revisori.