Luigi Einaudi (1948-1955) è il primo Presidente che si stabilisce al Quirinale. Si deve allo stesso Einaudi il primo ordinamento del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica nel 1948, seguito di poco alla L. 9 ago. 1948, n. 1077, che stabiliva la dotazione della Presidenza, l'assegno mensile del Presidente e istituiva la carica di Segretario generale. Della dotazione faceva parte la tenuta di Castelporziano, nei pressi di Roma, mentre quella di San Rossore (ora amministrata dalla Regione Toscana) e villa Rosebery, a Napoli, sono aggiunte nel 1957. La Presidenza della Repubblica, in quanto organo costituzionale, ha potere di autoregolamentazione.
Dopo una prima fase di verifica, Einaudi emana nel 1949 un nuovo ordinamento stabilendo un'organizzazione che, pur con varie modifiche, costituisce ancora nelle linee fondamentali le basi dell'ordinamento del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica: la distinzione tra gli uffici che svolgono attività di supporto alle funzioni istituzionali del Presidente, affidati a Consiglieri di sua fiducia (a capo dell'ufficio poteva essere posta persona già in posizione di comando, talora affiancata da un Consigliere o da un Consulente per quel settore di attività), e quelli per la gestione dei beni in dotazione e per il funzionamento dell'apparato burocratico del Segretariato generale, affidati al personale interno. Tale distinzione si accentua quando l'evidente esigenza della delega di funzioni amministrative da parte del Segretario generale porta, durante la Presidenza Leone, all'istituzione della carica di Vice Segretario generale amministrativo, che coordina l'attività dei servizi per la gestione dei beni in dotazione e per il funzionamento dell'apparato burocratico. Nel corso degli anni, però, i diversi ordinamenti organici del Segretariato generale, pur mantenendo nei fatti la distinzione tra le attività affidate ai Consiglieri, o a persone comandate scelte comunque dal Presidente, e quelle affidate al personale interno, avevano utilizzato indifferentemente i termini "ufficio" e "servizio" senza dare ad essi un significato specifico. Durante la Presidenza Cossiga viene finalmente deciso che si chiamino Uffici i settori cui vengono ora preposti solo i Consiglieri scelti e nominati dal Presidente per coadiuvarlo nell'esercizio delle sue funzioni istituzionali e Servizi tutti gli altri settori di organizzazione e gestione. Allo svolgimento delle attività dei Servizi provvede personale di ruolo o comandato da altre amministrazioni. Personale interno collabora anche negli Uffici dei Consiglieri, i quali tuttavia possono utilizzare alcune persone di loro fiducia comandate da altri uffici dello Stato.
Ai Consiglieri scelti dal Presidente viene dunque assegnata la direzione di Uffici di stretta collaborazione per l'espletamento delle sue funzioni istituzionali. Il Presidente della Repubblica, a differenza dei re d'Italia, non ha un ruolo diretto nell'attività legislativa, di governo e giudiziaria, ma ha alcune funzioni rilevanti nel contribuire al bilanciamento dei poteri. Il Titolo II (artt. 83-91) della Parte II della Costituzione, relativa all'Ordinamento della Repubblica, è dedicato al Presidente della Repubblica, e in particolare, l'art. 87 elenca le funzioni del Presidente, ma altre si evincono dai titoli dedicati al Parlamento e al Governo. Ne consegue l'esigenza di disporre di uno staff che raccolga dati e informazioni, elabori studi e istruttorie e collabori con il Presidente in ogni ambito cui può rivolgersi l'attenzione e l'intervento del Presidente.
Gli Uffici ora retti dai Consiglieri si occupano, secondo l'ordinamento del Presidente Einaudi - degli affari costituzionali e relazioni con gli altri organi dello Stato, delle relazioni diplomatiche, degli affari militari, degli affari finanziari (non confermato in tutti i settennati), della stampa. Verranno poi istituiti un Ufficio per gli affari interni, un Ufficio per la gestione del patrimonio artistico e un Ufficio per gli affari dell'amministrazione della giustizia. Quest'ultimo acquisisce alcune funzioni dell'Ufficio per gli affari costituzionali, in particolare le grazie e commutazione delle pene e i rapporti con il Consiglio superiore della magistratura, presieduto dal Presidente della Repubblica.
Molto meno lineare si evolve nel corso degli anni l'organizzazione dei Servizi, destinati all'espletamento delle attività amministrative e logistiche a supporto delle funzioni presidenziali e alla gestione del patrimonio in dotazione e del personale, nonché alla trattazione delle istanze dei cittadini intese ad ottenere interventi presidenziali per risolvere questioni personali di lavoro, di cittadinanza, di disbrigo di pratiche amministrative, di segnalazione di disservizi o di situazioni particolari e quant'altro; delle richieste di interventi di assistenza e beneficenza; delle richieste di patronati e premi per attività culturali, sociali o sportive e di onorificenze: ad ogni petizione o istanza viene fornita una risposta.
Le funzioni svolte dai Servizi, sostanzialmente sempre le stesse dal 1948 a oggi, salvo alcune derivanti da disposizioni sulla sicurezza e dagli sviluppi della tecnologia - vengono accorpate o distinte e variamente riarticolate spesso senza che ne risultino evidenti le ragioni, salvo forse un tentativo di concentrarne la gestione nei primi tre decenni. Fino alla fine degli anni Settanta tali funzioni risultano, infatti, inquadrate in due grandi strutture denominate Affari generali e Amministrazione e patrimonio. Il Presidente Leone, con propri decreti (del 1976, 1977 e 1978), istituisce la figura del Vice Segretario generale amministrativo per coordinare l'attività dei Servizi che non risultano più inquadrati in queste due grandi unità operative, soppresse nel suo ordinamento generale del febbraio 1978. Alle due strutture, Affari generali e Amministrazione e patrimonio, era affiancata fin dal 1948, in posizione autonoma o nell'ambito di una di esse, la Segreteria presidenziale, a sua volta soppressa nel 1980 dal Presidente Pertini. La Segreteria presidenziale svolgeva funzioni presidenziali non previste dalla Costituzione (salvo le Onorificenze e, per un breve periodo, le Grazie e i Ricorsi straordinari), prevalentemente in materia di Istanze, Beneficenza poi assistenza, Patronati e premi che vengono, già prima della sua soppressione, progressivamente attribuite a vari altri Servizi; solo per la trattazione del Carteggio presidenziale vi potevano essere interferenze con gli affari assegnati ad altre strutture di segreteria del Presidente.
Particolarmente complicata è l'evoluzione delle strutture di segreteria del Presidente, anche se, nella sostanza, il Presidente si avvale fin dall'origine di una segreteria istituzionale e di una segreteria personale. L'Ufficio di Segreteria del Presidente, che rientra attualmente tra gli Uffici ed è retta da un Consigliere scelto dal Presidente, svolge funzioni di supporto alle attività personali e istituzionali del Presidente. La segreteria personale, attualmente denominata Segreteria particolare del Presidente, non ha lo stesso rango e coadiuva il Presidente in tutta la sua attività quotidiana. Dopo un'organizzazione particolarmente articolata delle funzioni di supporto e assistenza alle attività presidenziali (Gabinetto, varie Segreterie, Assistenti), attuata dal Presidente Cossiga (1985-1992), il Presidente Scalfaro (1992-1999) riconduce queste funzioni a tre segreterie: Segreteria del Presidente, Segreteria particolare e Segreteria generale. La Segreteria generale, istituita nel 1985 prevalentemente a supporto dell'attività del Segretario generale, viene soppressa nel 1990, confluendo in parte le sue attribuzioni in quelle del Gabinetto del Presidente: quella ricostituita nel 1992 dal Presidente Scalfaro subentra al Gabinetto del Presidente, istituito durante la Presidenza Cossiga, e svolge, pertanto, funzioni prevalentemente a supporto dell'attività presidenziale, anche se il complesso delle sue funzioni non risulta univocamente definito, negli ordinamenti successivi, rispetto all'Ufficio di Segreteria del Presidente e al Gabinetto del Segretario generale.
Il Gabinetto del Segretario generale, subentrato nel 1984 (Presidenza Pertini) ad una Segreteria particolare che era stata istituita nel 1965 (Presidenza Saragat), ha funzioni di supporto all'attività del Segretario generale, più o meno ampie a seconda dell'ordinamento approvato dai diversi Presidenti, e - oltre a competenze in materia di onorificenze - include, attualmente, anche la Cancelleria dell'Ordine al Merito della Repubblica Italiana, dirige il Centro computerizzato corrispondenza (CCC), cui fa capo tutta la corrispondenza che arriva al Quirinale, il protocollo elettronico di tutti gli uffici e servizi (GeDoc), tratta e archivia la corrispondenza del Segretario generale, che dispone anche di una propria Segreteria particolare. Per un breve periodo, durante la Presidenza Ciampi, opera anche la figura del Vice Segretario generale, non confermata dal Presidente Napolitano.
Fin dal primo ordinamento del Presidente Einaudi è prevista un'attività di riscontro e controllo sulle spese della Presidenza della Repubblica che, come pure gli altri organi costituzionali (Camera dei deputati, Senato della Repubblica e Corte costituzionale), non è soggetta al controllo della Corte dei conti. Tale funzione è attualmente affidata a un Collegio dei revisori.
Alla difesa della persona del Presidente e del Palazzo concorrono il Reggimento Corazzieri e la Sovraintendenza centrale per i servizi di sicurezza, istituita nel 1985 e articolata in Ufficio di direzione, Ufficio presidenziale polizia di Stato e Reparto carabinieri Presidenza della Repubblica. Il Reggimento Corazzieri ha una lunga storia di origine sabauda e, sciolto con la fine della monarchia, viene poi ripristinato dal Presidente Einaudi.
Dal 1948 fino alla Presidenza Leone (1971-1978) vengono emanati pochi provvedimenti di modifica a singoli uffici o servizi, preferendosi, di massima, l'emanazione di un provvedimento verso la fine del mandato per l'ordinamento generale del Segretariato. Modifiche parziali sono più numerose con il Presidente Pertini (1978-1985) che, comunque, affida a un ordinamento generale la sintesi delle varie modifiche apportate nel settennato; allo stesso Presidente si debbono alcune modifiche al Servizio ragioneria e tesoreria e una più attenta organizzazione degli organi di controllo sulle spese del Quirinale. Con Pertini, come si è detto, viene soppressa la Segreteria presidenziale e viene confermata l'organizzazione in numerosi Servizi logistici e amministrativi e di gestione dei beni e del personale, coordinati dal Vice Segretario generale amministrativo, secondo il modello introdotto dal Presidente Leone. Con il Presidente Cossiga (1985-1992) si assiste a continui e numerosi decreti che modificano o implementano l'assetto del Segretariato generale. Diventa più complesso - come si è detto - l'apparato di gabinetto e di segreteria per il Presidente e anche per il Segretario generale, si tenta una ricostituzione della Casa militare sul modello monarchico, si crea per un breve periodo come ufficio della Presidenza della Repubblica la Segreteria del Consiglio supremo di difesa, ora congiunta alle funzioni del Consigliere per gli affari militari -, si istituisce la Sovraintendenza centrale per i servizi di sicurezza e l'Ufficio per gli affari interni, si sviluppano servizi tecnici di telecomunicazioni, si costituisce un Archivio politico-istituzionale, di breve durata, con funzioni di documentazione dell'attività presidenziale, affidato a un Consigliere, e si include l'organo di controllo sulle spese tra i Servizi alle dipendenze del Segretario generale. Non viene però emanato un decreto di ordinamento generale.
Al ripristino di situazioni precedenti e ad alcuni cambiamenti provvede il Presidente Scalfaro (1992-1999) con decreti di parziali modifiche, anche in ordine all'organo di controllo delle spese, mentre affida a un ordinamento generale la risistemazione realizzata nel suo settennato: tale ordinamento deriva dallo studio inteso a formulare proposte di modifica affidato nel 1994 al Comitato presieduto dal Consigliere speciale del Presidente Scalfaro, on. Michele Zolla. Analoga linea è adottata durante la Presidenza Ciampi (1999-2006), che definisce in un ordinamento generale a fine mandato le modifiche apportate negli anni precedenti: una apposita Commissione presieduta da un emerito giurista, Sabino Cassese, opera un'analisi delle strutture burocratiche in funzione dell'esercizio dei compiti istituzionali della Presidenza della Repubblica e formula le proposte di modifica; viene anche conferito un incarico per ammodernare l'ordinamento burocratico del Segretariato generale; viene inoltre organizzato un protocollo elettronico coordinato per tutta la corrispondenza della Presidenza della Repubblica, con riproduzione dei documenti cartacei spediti o ricevuti, innovando rispetto a un precedente sistema di riproduzione in microfilm dei documenti in arrivo.
L'attuale Presidenza Napolitano istituisce, nel novembre 2006, una Commissione di studio per l'assetto organizzativo e l'efficacia delle procedure amministrative del Segretariato generale presieduta dal Consigliere Elio Berarducci, che dirige l'Ufficio della segreteria generale. Dalle proposte della Commissione derivano numerose modifiche parziali, ora confluite nell'ordinamento generale approvato con D.P. 18 apr. 2013, n. 107/N. L'ordinamento prevede dieci Uffici: Ufficio della Segreteria generale, Ufficio di Segreteria del Presidente e otto Uffici relativi a settori specifici: Affari giuridici e relazioni costituzionali, Affari diplomatici, Affari militari e Segreteria del Consiglio supremo di difesa, Affari interni e rapporti con le Autonomie, Affari dell'amministrazione della giustizia, Stampa e comunicazione, Affari finanziari, Conservazione del patrimonio artistico. Ad essi si affiancano la Segreteria particolare del Presidente e la Segreteria particolare del Segretario generale. I Servizi sono: Gabinetto del Segretario generale, Cerimoniale, Personale, Studi, Biblioteca, Rapporti con la società civile, Patrimonio, Intendenza, Tenute e giardini, Ragioneria e tesoreria, Sistemi informatici, Sicurezza sul lavoro. In posizione distinta dagli Uffici e dai Servizi si colloca l'Archivio storico, che ha rango di servizio, retto da un sovrintendente di nomina presidenziale. Sono inoltre previsti l'Unità speciale per la Segreteria dei Collegi giudicanti e i Servizi di protezione e sicurezza. Affari particolari sono affidati a Consulenti del Presidente. Il Segretario generale è coadiuvato nel coordinamento dei Servizi dal Vice Segretario generale amministrativo e dal Vice Segretario generale amministrativo per la documentazione e le relazioni esterne.