Con il primo decreto di organizzazione interna del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica del Presidente Einaudi, approvato con D.P. 9 nov. 1948, n. 4, la Divisione II dell'Ufficio amministrazione e patrimonio, che si occupa della gestione del patrimonio, ha competenza sul Servizio cacce e Gestione giardini e Tenuta di Castelporziano. Il secondo decreto del Presidente Einaudi, D.P. 25 ott. 1949, n. 26, istituisce, all'interno dello stessa Divisione II-Gestione patrimonio, il Servizio agrario con identiche competenze.
Durante la Presidenza Gronchi, in base a D.P. 22 ago.1955, n. 6, è la Divisione VI-Servizi agrari, sempre all'interno dell'Ufficio amministrazione e patrimonio, a occuparsi della gestione della Tenuta di Castelporziano e dei giardini del Quirinale, della residenza di Caprarola e di Villa Rosebery in Napoli, entrata a far parte della dotazione presidenziale nel 1957, ma già a disposizione del Capo dello Stato come residenza estiva marittima dal 1951. Con il nuovo D.P. 28 feb. 1957, n. 39, mutano le denominazioni degli uffici e le competenze della Divisione VI-Servizi agrari passano all'Ufficio tenute e giardini del Servizio amministrazione e patrimonio, con identiche competenze.
Il Presidente Saragat, con D.P. 1° mar. 1965, n. 5, aggiunge alle competenze dell'Ufficio tenute e giardini la gestione della Tenuta di San Rossore di Pisa, entrata tra i beni di dotazione il 23 marzo del 1957.
Sarà il Presidente Leone, alla fine del suo mandato, con il D.P. 6 feb. 1978, n. 88, a istituire un autonomo Servizio tenute e giardini per la gestione delle tenute di Castelporziano e di San Rossore, per la tutela del patrimonio floro-faunistico, per il controllo dell'attività venatoria e la gestione dei giardini del Quirinale e di Villa Rosebery.
Con il Presidente Pertini, in base al D.P. 24 giu. 1980, n. 36, il Servizio tenute e giardini viene così articolato: Ufficio tenute e giardini, Direzione tecnico-agraria della Tenuta di Castelporziano e Direzione tecnico-agraria della Tenuta di San Rossore.
Durante la Presidenza Cossiga, con il D.P. 30 ott. 1985, n. 9, l'Ufficio tenute e giardini cambia la denominazione in Divisione tenute e giardini, sempre nell'ambito del Servizio tenute e giardini; nulla è modificato nelle due divisioni tecnico-agrarie. Il Servizio è soppresso dal Presidente Cossiga con D.P. 5 ott. 1990, n. 87/N, e fatto confluire nel Servizio intendenza, articolato in tre Divisioni: Divisione servizi generali, Divisione giardini (gestione amministrativa e tecnica dei giardini del Quirinale e di Villa Rosebery) e Divisione tenute (gestione amministrativa delle tenute di Castelporziano e di San Rossore, tutela del patrimonio floro-faunistico e controllo dell'attività venatoria) - e due Direzioni tecnico-agrarie, una della Tenuta di Castelporziano e una della Tenuta di San Rossore, per la direzione dell'attività tecnico-agraria, forestale e zootecnica, acquisto e vendita delle scorte vive e morte, segnalazione della necessità di interventi per la manutenzione del patrimonio immobiliare, esecuzione delle convenzioni e degli atti di concessione.
Il Presidente Scalfaro, con D.P. 18 dic. 1993, n. 32/N, ripristina il Servizio tenute e giardini, suddiviso in Divisione tenute e giardini, Direzione tecnico-agraria della Tenuta di Castelporziano e Direzione tecnico-agraria della Tenuta di San Rossore. Con D.P. 24 lug. 1996, n. 83/N, è confermato il Servizio tenute e giardini ma la Divisione è articolata in Divisione tenute e Divisione giardini, mentre viene confermata solo la Direzione tecnico-agraria della Tenuta di Castelporziano, in previsione della cessione alla Regione Toscana della Tenuta di San Rossore. Con L. 8 apr. 1999, n. 87, la Tenuta di San Rossore viene trasferita in proprietà a titolo gratuito alla Regione Toscana, a seguito della convenzione stipulata in data 29 dicembre 1995 tra il Segretariato generale della Presidenza della Repubblica e la Regione Toscana. Nel 1999 vengono individuati nell'ambito del Servizio tenute e giardini dieci Settori dotati di una certa autonomia: Settore giardini, Settore agrario di Castelporziano, Settore allevamento bestiame di Castelporziano, Settore artigiani di Castelporziano, Settore forestale di Castelporziano, Settore giardini di Castelporziano, Settore officina di Castelporziano, Settore operai di Castelporziano, Settore tutela e gestione ambientale di Castelporziano, Settore giardini di Villa Rosebery.
Il Presidente Ciampi, con D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, conferma il Servizio tenute e giardini, ripristinando l'articolazione in Divisione tenute (gestione amministrativa della Tenuta di Castelporziano, tutela del patrimonio floro-faunistico e controllo dell'attività venatoria, manutenzione ordinaria degli immobili e custodia del patrimonio immobiliare, attività di informazione e divulgazione per i visitatori della Tenuta di Castelporziano), Divisione giardini (gestione amministrativa e tecnica dei giardini del Quirinale, della Tenuta di Castelporziano e di Villa Rosebery), Direzione tecnico-agraria della Tenuta di Castelporziano.
Il Presidente Napolitano, con D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, conferma il Servizio tenute e giardini, ma ne semplifica l'organizzazione interna, eliminando le divisioni, e modifica le competenze: gestione amministrativa della Tenuta di Castelporziano, manutenzione ordinaria degli immobili della Tenuta di Castelporziano e di Villa Rosebery limitatamente a piccoli interventi conservativi, attività informativa e didattica per i visitatori della tenuta, esecuzione delle convenzioni e degli atti di concessione, accessi e visite alla tenuta; gestione amministrativa e tecnica dei giardini del Quirinale, della Tenuta di Castelporziano e di Villa Rosebery; gestione dell'attività tecnico-agraria, forestale e zootecnica della Tenuta di Castelporziano; osservazione e tutela dell'ambiente e del patrimonio floro-faunistico, acquisizione e vendita delle scorte, vigilanza sulle attività svolte all'interno della tenuta.