Con il primo ordinamento del Presidente Einaudi, approvato con D.P. 9 nov. 1948, n. 4, viene istituita, nell'ambito dell'Ufficio amministrazione e patrimonio, la Divisione III con compiti di ragioneria, bilancio preventivo, contabilità, ordini di introito e di pagamento; servizio di cassa; riscontri e controlli; verifiche di cassa. Le stesse competenze vengono confermate con D.P. 25 ott. 1949, n. 26, che precisa la denominazione in Divisione III-Ragioneria e aggiunge alla compilazione del bilancio preventivo quella del bilancio consuntivo.
Con la Presidenza Gronchi, in base a D.P. 22 giu. 1955, n. 6, la Divisione diventa Divisione V-Ragioneria e Cassa, articolata in Sezione I-Ragioneria, con compiti di bilancio preventivo e consuntivo e contabilità, e Sezione II-Cassa; i riscontri e controlli passano invece, sempre nell'ambito dell'Ufficio amministrazione e patrimonio, all'Ufficio riscontro. Due anni dopo, con D.P. 28 feb. 1957, n. 39, l'Ufficio amministrazione e patrimonio diventa Servizio amministrazione e patrimonio, che include un Ufficio ragioneria, con le stesse competenze della precedente Sezione I, e un Ufficio cassa, che oltre ai compiti di cassa, giornale di cassa e situazioni quindicinali, ha compiti di depositi di tesoreria e doni al Presidente, mentre l'Ufficio riscontro assume posizione autonoma. Tale organizzazione, con le stesse competenze, viene confermata durante la Presidenza Saragat, con D.P. 1° gen. 1965, n. 5.
Alla fine del suo mandato il Presidente Leone, con D.P. 6 feb. 1978, n. 88, crea due distinti uffici autonomi: l'Ufficio ragioneria, con le stesse competenze del precedente, e l'Ufficio cassa, che mantiene le precedenti competenze salvo quelle in materia di doni al Presidente; il controllo contabile sulle spese non fisse dell'amministrazione è affidato a un Ispettore al riscontro.
Il Presidente Pertini, con D.P. 24 giu. 1980, n. 36, istituisce il Servizio ragioneria e tesoreria, articolato in Ufficio ragioneria, per la predisposizione del bilancio preventivo e consuntivo, per le variazioni patrimoniali e inventariali, per i ruoli di pagamento, e un Ufficio tesoreria, per il servizio di cassa e la custodia valori. Ma, anche in considerazione dell'esigenza di garantire un più puntuale sistema di controllo delle spese, con lo stesso decreto vengono istituiti il Magistrato per il controllo di legittimità, che formula pareri preventivi sulla legittimità di tutti gli schemi di contratti e dei provvedimenti amministrativi predisposti dai servizi del Segretariato generale, e l'Ispettore al bilancio, che predispone la relazione sul bilancio preventivo e consuntivo, le relazioni trimestrali sull'andamento gestionale del bilancio per rilevarne l'aderenza alle previsioni e le relazioni su eventuali proposte di integrazione. Il D.P. 1° set. 1980, n. 41, sopprime il Servizio in cui erano inquadrati l'Ufficio ragioneria e l'Ufficio tesoreria, il Magistrato per il controllo di legittimità e l'Ispettore al bilancio. Al loro posto istituisce il Servizio ragioneria, riscontro e tesoreria, articolato in tre uffici: sia l'Ufficio ragioneria che l'Ufficio tesoreria mantengono le stesse competenze, mentre l'Ufficio riscontro provvede al riscontro preventivo degli atti che comportino oneri a carico del bilancio. All'Ispettore al bilancio subentra l'Organo di controllo, che predispone la relazione sul bilancio preventivo e consuntivo, la relazione trimestrale sulla gestione del bilancio nonché sulla regolarità delle scritture contabili, in conformità alle attribuzioni ad esso devolute dal Regolamento di contabilità.
Durante la Presidenza Cossiga il D.P. 30 ott. 1985, n. 9, conferma l'ordinamento e le competenze del Servizio ragioneria, riscontro e tesoreria, salvo il cambio di denominazione delle sue articolazioni interne da Uffici in Divisione ragioneria e Divisione tesoreria; include l'Organo di controllo tra i servizi amministrativi del Segretariato generale.
Il Presidente Scalfaro, con D.P. 18 dic. 1993, n. 32/N, riorganizza il Servizio, ora denominato Servizio ragioneria e tesoreria, in una Divisione ragioneria e una Divisione tesoreria, con le stesse competenze; ciò in quanto il decreto riunisce le funzioni in materia di riscontro a quelle di controllo nella figura dell'Ispettore al bilancio, posto in posizione di "terzietà" rispetto ai servizi amministrativi. Lo stesso ordinamento trova sostanziale conferma nel D.P. 24 lug. 1996, n. 83/N.
Durante la Presidenza Ciampi il D.P. 7 dic. 1999, n. 8/N, ridefinisce alcune competenze dell'Ispettore al bilancio e, per quanto attiene al Servizio ragioneria e tesoreria, ridefinisce la verifica delle proposte di spesa in armonia con alcune modifiche del Regolamento di contabilità. Il D.P. 10 dic. 2001, n. 29/N, sostituisce - nell'ambito di una più generale riforma della materia contabile - l'Ispettore al bilancio con un organo collegiale, il Collegio dei revisori, che riferisce direttamente al Segretario generale. Il D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, conferma il Servizio ragioneria e tesoreria, articolato in Divisione ragioneria e Divisione tesoreria. Le competenze della Divisione ragioneria sono così definite: pianificazione finanziaria, predisposizione del bilancio preventivo e del conto consuntivo, gestione delle entrate e delle spese, scritture contabili, variazioni patrimoniali e inventariali, ruoli di pagamento, compiti del sostituto d'imposta, gestione del Fondo interventi. La Divisione tesoreria si occupa del servizio di cassa e della custodia valori.
Il D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, approvato durante la Presidenza Napolitano, mantiene le stesse competenze al Servizio ragioneria e tesoreria, semplificandone l'organizzazione interna nel rispetto della distinzione dei compiti di ragioneria e di tesoreria. Nel corso dello stesso mandato presidenziale, con D.P. 18 aprile 2013 n. 107/N, il servizio assume il nome di Servizio bilancio, ragioneria e tesoreria, pur mantenendo sostanzialmente invariate le competenze del precedente ordinamento.