Istituito durante la Presidenza Einaudi con D.P. 9 nov. 1948, n. 4, con la denominazione di Ufficio per gli affari economici e finanziari, si occupa di studi e informazioni sulla materia relativa al bilancio dello Stato, di relazioni su questioni di economia e finanza, di gestione finanziaria del Segretariato generale. Nell'anno successivo, con D.P. 25 ott. 1949, n. 26, i rapporti economici e finanziari vengono attribuiti all'Ufficio per i rapporti con il Parlamento e con il Governo.
Questa soluzione è confermata nel 1955 dal Presidente Gronchi, che conferisce un incarico di Consulente per le questioni di carattere economico e finanziario, mentre con D.P. 28 feb. 1957, n. 39, viene ricostituito l'Ufficio studi economici e finanziari, confermato durante la Presidenza Saragat nel 1965. Un incarico di esperto poi di Consulente economico finanziario è conferito in data 15 febbraio 1965 a Tommaso Carini, confermato dal Presidente Leone e fino al 30 giugno 1979 dal Presidente Pertini. Durante la Presidenza Leone è conferito un ulteriore incarico a Glauco Della Porta per redigere relazioni e fornire informazioni in materia economico-finanziaria (1974-1976).
Durante la Presidenza Ciampi, in ottemperanza al D.P. 8 nov. 2001, n. 27/A, una parte del personale dell'Unità di valutazione delle conseguenze finanziarie degli atti normativi viene posto alle dipendenze del Consigliere del Presidente della Repubblica, Domenico Marchetta, costituendo di fatto quello che, con D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, diventa Ufficio per gli affari finanziari. Il decreto così ne definisce le competenze: analisi e studi riguardanti la finanza pubblica e le politiche fiscali, economiche, finanziarie e di bilancio; processo di bilancio e relative decisioni parlamentari; verifica della legittimità della copertura finanziaria delle leggi di spesa e della corretta quantificazione delle conseguenze finanziarie degli atti normativi, con il supporto dell'apposita Unità di valutazione costituita presso l'Ufficio ed in collaborazione, per quanto di competenza, con l'Ufficio per gli affari giuridici e le relazioni costituzionali; rapporti con il Ministero dell'economia e delle finanze per quanto attiene alle materie di competenza; ricerche, analisi, documentazioni, studi e raccolta di notizie e informazioni nelle materie di competenza.
Confermato durante la Presidenza Napolitano, il D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, ne integra la competenza in materia di studi e ricerche, prevedendo la collaborazione con il Servizio studi e biblioteca, poi Servizio Studi.