Durante la Presidenza Scalfaro, con D.S.G. 23 dic. 1996, n. 888 - rilevata l'esigenza di provvedere, conformemente a quanto stabilito dal D.L. 19 mar. 1996, n. 626, all'organizzazione del Servizio di prevenzione e protezione - viene designato il responsabile del servizio stesso, scelto fra gli impiegati di ruolo del Segretariato generale. Sono inoltre indicati il medico competente e gli addetti alla prevenzione infortuni e alla prevenzione incendi. Qualche mese dopo, con D.S.G. 3 apr. 1997, è conferito alla persona già designata l'incarico individuale di livello dirigenziale di responsabile del Servizio di prevenzione e protezione.
Durante la Presidenza Ciampi, con D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, è formalizzata l'istituzione del Servizio per la sicurezza sul lavoro le cui competenze sono così definite: analisi delle situazioni lavorative e definizione di problemi che queste comportano in materia di sicurezza e di salute, progettazione degli interventi in materia di prevenzione degli infortuni e delle malattie professionali e di protezione dei lavoratori esposti a rischi, attività di informazione e formazione dei dirigenti, dei preposti e dei lavoratori, valutazione di efficacia e di efficienza delle misure di prevenzione e protezione. Il Presidente Napolitano non ha apportato modifiche al Servizio.