Con il primo ordinamento del Presidente Einaudi, approvato con D.P. 9 nov. 1948, n. 4, viene istituito l'Ufficio del consigliere militare con competenze relative alle relazioni sulle materie interessanti la difesa e le forze armate, ai rapporti con il Ministero della difesa, al Consiglio supremo di difesa, alla disciplina e servizi di onore dei Carabinieri guardie del Presidente e ai servizi di onore degli altri corpi armati. Il successivo ordinamento, D.P. 25 ott. 1949, n. 26, cambia la denominazione in Ufficio affari militari, mantenendo le stesse competenze.
Con la Presidenza Gronchi, l'ordinamento del 1955 non apporta cambiamenti, mentre con D.P. 28 feb. 1957, n. 39, viene solo modificato il nome in Servizio affari militari.
Non intervengono modifiche con le Presidenze Segni, Saragat, Leone e Pertini.
Il D.P. 30 ott. 1985, n. 9, del Presidente Cossiga modifica la denominazione in Ufficio per gli affari militari e ne amplia in maniera sostanziale le competenze che vengono così definite: relazioni sulle materie interessanti la difesa nazionale, in collaborazione per quanto di competenza con l'Ufficio per gli affari diplomatici, e la sicurezza militare, in coordinamento con gli altri uffici competenti in materia; relazioni sulle materie interessanti le forze armate; rapporti con il Ministero della difesa e con il Consiglio supremo di difesa (secondo la dizione usata dal Presidente Pertini nel D.P. 24 giu. 1980, n. 36); servizi di sicurezza e di onore dei Carabinieri guardie del Presidente e di altri corpi armati; predisposizione della difesa del Palazzo del Quirinale. Per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni il Consigliere militare ha la sovrintendenza funzionale e di impiego del Comando dei Carabinieri guardie del Presidente, nonché sulle guardie di onore; dal Consigliere militare dipendono in via disciplinare il Comandante dei Carabinieri guardie del Presidente e il Comandante del Nucleo Carabinieri presidenziali. L?Ufficio collabora con il Gabinetto del Presidente e con l'Ufficio cerimonie e patronato per quanto attiene alle istanze dei cittadini e di comunità dirette al Presidente della Repubblica; è competente per l'organizzazione e gestione di speciali servizi, nonché per ricerche, documentazione e studio delle materie di competenza. Il Consigliere militare e il Consigliere militare aggiunto esplicano, sul piano dell'assistenza tecnico-militare e ai fini del cerimoniale, le funzioni rispettivamente di Aiutante generale di campo e di Aiutante di campo del Presidente della Repubblica.
Lo stesso Presidente Cossiga, con D.P. 20 apr. 1990, n. 79/N, ridimensiona notevolmente i compiti del Consigliere militare per quanto attiene alle funzioni di difesa del Palazzo e del Presidente: la difesa del Palazzo del Quirinale passa all'Ufficio per gli affari interni e, per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni, il Consigliere per gli affari interni ha la direzione funzionale e d'impiego della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza e del Comando carabinieri guardie del Presidente per i servizi di protezione e sicurezza. Rimane al Consigliere per gli affari militari, per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni, la direzione dei servizi militari, dei servizi di onore e di rappresentanza e di polizia militare del Comando dei Carabinieri guardie del Presidente, nonché la direzione dei servizi militari e dei servizi di onore e di rappresentanza della Guardia di onore e degli altri reparti militari eventualmente messi a disposizione della Presidenza della Repubblica. Il Centro per le comunicazioni del Ministero della difesa presso il Segretariato generale dipende per l'impiego dall'Ufficio per gli affari militari. Con D.P. 17 gen. 1986, n. 24, era stata istituita la Segreteria del Consiglio supremo di difesa, composta dal segretario del Consiglio e dal dipendente Ufficio di segreteria, inquadrata tra gli Uffici del Segretariato generale della Repubblica, fino al D.P. 24 set. 1990, n. 85/N, che ne stabilisce l'esclusione dagli uffici. Durante la Presidenza Scalfaro il D.P. 26 lug. 1996, n. 83/N, mantiene le competenze dell'Ufficio per gli affari militari nella formulazione ridimensionata del 1990: relazioni sulle materie interessanti la difesa nazionale, in collaborazione per quanto di competenza con l'Ufficio per gli affari diplomatici, e la sicurezza militare, in coordinamento con gli altri uffici competenti in materia; relazioni sulle materie interessanti le forze armate; rapporti con il Ministero della difesa e con il Consiglio supremo di difesa; collaborazione con il Servizio del cerimoniale per quanto attiene al cerimoniale militare; collaborazione con l'Ufficio della Segreteria generale ed il Servizio affari generali per quanto attiene alle istanze di cittadini e di comunità dirette al Presidente; organizzazione e gestione di speciali servizi; ricerche, documentazione e studio nelle materie di competenza. Per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni il Consigliere militare ha la direzione dei servizi militari, dei servizi di onore e di rappresentanza e di polizia militare del Reggimento corazzieri, nonché la direzione dei servizi militari e dei servizi di onore e rappresentanza della Guardia di onore e degli altri reparti militari eventualmente messi a disposizione della Presidenza della Repubblica. Il Centro per le comunicazioni del Ministero della difesa presso il Segretariato generale dipende per l'impiego dall'Ufficio per gli affari militari. Il Consigliere militare aggiunto e l'Assistente militare esplicano, sul piano dell'assistenza tecnico-militare e ai fini del cerimoniale, le funzioni rispettivamente di Primo aiutante di campo e di Aiutante di campo del Presidente della Repubblica.
Il D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, del Presidente Ciampi conferma le competenze, apportando delle semplificazioni: non viene esplicitata la collaborazione con l'Ufficio per gli affari diplomatici per le competenze in materia di difesa nazionale e si parla direttamente di pareri al Servizio rapporti con i cittadini per quanto attiene alle istanze dirette al Presidente della Repubblica. Il Consigliere militare esplica i compiti di direzione dei servizi militari, di onore e di rappresentanza, secondo le direttive e istruzioni del Segretario generale senza riferimento alla delega; infine è il Consigliere militare a svolgere funzioni di Primo aiutante di campo. Lo stesso decreto, all'art. 30, definisce i compiti della Segreteria del Consiglio supremo di difesa, dal 2000 struttura del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica: preparazione delle riunioni, esecuzione delle determinazioni e supporto conoscitivo ed organizzativo.
Una importante modifica è apportata, durante la Presidenza Napolitano, dal D.P. 29 lug. 2008, n. 22/N: l'ufficio diventa Ufficio per gli affari militari e Segreteria del Consiglio supremo di difesa, i cui compiti erano stati definiti nel 2005. Le funzioni dell'Ufficio per gli affari militari e Segreteria del Consiglio supremo di difesa riguardano: informazione, analisi e valutazione delle questioni in materia di sicurezza militare e difesa e rapporti con il Ministero della difesa; preparazione delle riunioni del Consiglio supremo di difesa e attività di supporto conoscitivo e organizzativo al Presidente della Repubblica e agli altri componenti secondo quanto previsto dal Regolamento speciale dei servizi militari della Presidenza della Repubblica approvato con D.P. 30 mar. 2007, n. 5/N; pareri ad altri uffici e servizi per quanto attiene alle materie di competenza e trattazione delle istanze di cittadini di natura o interesse militare; collaborazione con il Servizio del cerimoniale per quanto attiene al cerimoniale militare e servizi militari, servizi di onore, di rappresentanza e di polizia militare del Reggimento corazzieri, della Guardia di onore e degli altri reparti militari eventualmente messi a disposizione della Presidenza della Repubblica; svolgimento delle altre funzioni previste dal citato Regolamento 30 mar. 2007, n. 5/N.