Il D.P. 27 apr. 1985, n. 165, emanato alla fine del mandato Pertini, prevede che l'Ufficio organizzazione amministrativa, istituito nell'ambito del Servizio affari generali e del personale, abbia tra le sue competenze anche l'organizzazione e gestione del Centro elaborazione dati (CED) e gli studi relativi all'aggiornamento professionale e all'ammodernamento dei metodi e dei mezzi di lavoro.
Durante la Presidenza Cossiga l'ufficio assume la denominazione di Divisione organizzazione amministrativa con D.P. 30 ott. 1985, n. 9. Con D.P. 10 apr. 1986, n. 4/N, cessano le competenze sull'organizzazione e gestione del CED nell'ambito del Servizio affari generali e del personale e viene istituito il Servizio sistemi informativi, composto da un'unica Divisione elaborazione dati, con attribuzioni in materia di analisi ed elaborazione di programmi per la gestione, da parte degli uffici e servizi del Segretariato generale, delle procedure di rispettiva competenza; coordinamento di tali procedure e modalità di utilizzazione degli elaborati in funzione presso il Segretariato generale; sovrintendenza alla gestione ed alla manutenzione delle attrezzature e formulazione delle proposte per la sostituzione e l'integrazione delle stesse. Il D.P. 25 apr. 1992, n. 113/N, prevede un'articolazione in servizi amministrativi e servizi tecnici - cioè Servizio sistemi informatici, Servizio per le telecomunicazioni e Servizio di emergenza medica - che tuttavia non ha conseguenze sull'organizzazione e il funzionamento di tali servizi.
L'ordinamento generale approvato durante il settennato Ciampi, con D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, sopprime la Divisione e così ridefinisce le competenze del Servizio sistemi informatici: progettazione di sistemi informatici integrati, gestione e sviluppo delle componenti tecnologiche e degli applicativi coinvolti; progettazione, manutenzione, monitoraggio e sviluppo di reti locali e geografiche; progettazione, manutenzione, monitoraggio e sviluppo delle piattaforme hardware e software a supporto delle architetture di protezione; attività di installazione, configurazione e di pronto intervento sulle stazioni di lavoro; supporto tecnico e progettazioni degli apparati tecnologici e delle piattaforme software del Sito web del Quirinale; formazione sulle tecnologie informatiche.
Il D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, pone il Servizio sistemi informatici sotto il coordinamento del Vice Segretario generale amministrativo.