Con D.P. 30 ott. 1985, n. 9, del Presidente Cossiga viene istituita la Segreteria generale, che ha il compito di collaborare con il Segretario generale nel coordinamento delle attività istruttorie e degli uffici di supporto all'esercizio delle funzioni istituzionali del Presidente, nell'assistenza direttamente prestata al Presidente per l'esercizio delle sue funzioni istituzionali, nella predisposizione e gestione del piano dei progetti e delle iniziative relative alle funzioni istituzionali del Presidente, nella verifica della loro attuazione e informazione e formulazione di proposte al Presidente della Repubblica e al Segretario generale. Con lo stesso decreto viene istituito il Gabinetto del Presidente, le cui competenze principali sono: calendario degli impegni pubblici e privati del Presidente, contributi assistenziali ed elargizioni varie riservate, affari e relazioni riservate del Presidente in collegamento con il Gabinetto del Segretario generale, trattazione in collaborazione con l'Ufficio cerimonie e patronato di particolari istanze di cittadini e comunità che il Presidente della Repubblica si riserva, Segreteria particolare, Segreteria personale.
Il D.P. 5 ott. 1990, n. 87/N, non conferma la Segreteria generale ma amplia le competenze del Gabinetto del Presidente: collaborazione alla persona del Presidente nell'espletamento dei suoi compiti e nell'esercizio delle sue attività; attività istruttorie per l'esercizio delle funzioni istituzionali svolte in collaborazione con l'Ufficio per gli affari giuridici e le relazioni costituzionali; trattazione degli affari riservati in collegamento con il Gabinetto del Segretario generale e, per quanto di competenza, con l'Ufficio per gli affari interni e con l'Ufficio speciale per la sicurezza, compresa la trattazione di petizioni ed istanze che il Presidente avoca o si riserva; pianificazione, attuazione e "monitoraggio" degli schemi di progetti e di iniziative personali del Presidente; concorso con il Segretario generale nella pianificazione, attuazione e "monitoraggio" dei progetti e delle iniziative generali e personali del Presidente nell'esercizio delle sue funzioni istituzionali; programmazione e calendarizzazione degli impegni pubblici e privati del Presidente, in collaborazione con il Gabinetto del Segretario generale, con la Segreteria particolare e con l'Ufficio del cerimoniale; sovrintendenza delle attività collegate alla Segreteria particolare; collaborazione con l'Ufficio per gli affari giuridici e le relazioni costituzionali per la raccolta e classificazione dei precedenti, usi e convenzioni; tenuta del diario presidenziale, con la collaborazione della Segreteria particolare e dell'Ufficio del cerimoniale; rapporti con le amministrazioni dello Stato, con associazioni e istituzioni professionali, con il Consiglio nazionale dell'economia e del lavoro; rapporti con associazioni od enti della società civile; Nucleo per affari economici e finanziari; ricerche, documentazioni e studi relativamente agli affari di competenza od altri che il Presidente gli affidi.
Il D.P. 28 mag. 1992, n. 1/N, del Presidente Scalfaro sostituisce al Gabinetto del Presidente la Segreteria generale, nella quale rispetto a quella del 1985 si configura una funzione di supporto all'attività del Presidente. Le sue funzioni derivano, infatti, da quelle del soppresso Gabinetto: collaborazione alla persona del Presidente nell'espletamento dei suoi compiti e nell'esercizio delle sue attività; trattazione degli affari riservati in collegamento con il Gabinetto del Segretario generale e, per quanto di competenza, con gli altri Uffici del Segretariato generale, compresa la trattazione di petizioni ed istanze che il Presidente avoca o si riserva (senza fare riferimento all'Ufficio speciale per la sicurezza); pianificazione e attuazione degli schemi di progetti e di iniziative personali del Presidente; programmazione e calendarizzazione degli impegni pubblici e privati del Presidente, in collaborazione con il Gabinetto del Segretario generale, con la Segreteria particolare e con l'Ufficio del cerimoniale; sovrintendenza delle attività collegate alla Segreteria particolare; tenuta del diario presidenziale, con la collaborazione della Segreteria particolare e dell'Ufficio del cerimoniale; ricerche, documentazione e studi relativamente agli affari di competenza ed altri affidati dal Presidente.
Il successivo D.P. 23 giu. 1992, n. 2/N, sopprime l'Archivio politico istituzionale (che era stato istituito con D.P. 1° giu. 1990, n. 82/Nbis) e conferma le attribuzioni della Segreteria generale, ulteriormente confermate dal D.P. 24 lug. 1996, n. 83/N, che ne modifica il nome in Ufficio della Segreteria generale.
Con il Presidente Ciampi la direzione dell'Ufficio della Segreteria generale è affidata al Vice Segretario generale Decaro con D.P. 21 mag. 1999, n. 1/A (vedi Vice Segretario generale); le funzioni restano sostanzialmente le stesse, salvo la ridefinizione delle funzioni relative alla calendarizzazione degli impegni del Presidente e alla tenuta del diario storico in "istruttoria con i consiglieri competenti e con il Servizio del cerimoniale per l'agenda del Presidente". Con D.P. 26 nov. 2003, n. 48/N, la Divisione adesioni, patronati e premi viene posta alle dipendenze dell'Ufficio della Segreteria generale con le consuete competenze: predisposizione di messaggi, indirizzi e adesioni del Capo dello Stato; istruttoria per la concessione dell'alto patronato del Presidente della Repubblica; istruttoria per la concessione di premi per manifestazioni culturali e sportive e per altre iniziative. Il D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, conferma le funzioni dell'Ufficio della Segreteria generale, includendo anche la Divisione adesioni patronati e premi.
Con il D.P. 29 lug. 2008, n. 22/N, del Presidente Napolitano la Segreteria generale perde le funzioni in materia di adesioni patronati e premi, che passano al Servizio rapporti con la società civile, e le sue competenze vengono così descritte: assistenza al Segretario generale per l'assolvimento dei compiti di diretta collaborazione con il Presidente della Repubblica nell'esercizio delle sue funzioni istituzionali; analisi della dinamica istituzionale e predisposizione di dossier di documentazione in materia di riforma dell'ordinamento costituzionale, della normativa elettorale e del sistema delle autonomie; coordinamento dei messaggi del Presidente e del Segretario generale; partecipazione alla formazione dell'agenda del Presidente e assolvimento dei relativi adempimenti. Assistenza al Segretario generale nello svolgimento dei rapporti esterni e di rappresentanza istituzionale e nell'esercizio della funzione di coordinamento delle attività del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica e dei compiti di indirizzo e controllo dell'attività amministrativa. Coordinamento dei processi di razionalizzazione e semplificazione della normativa interna.