Il Consiglio supremo di difesa, istituito con L. 28 lug. 1950, n. 624, è presieduto dal Presidente della Repubblica. Esamina i problemi generali politici e tecnici attinenti alla difesa nazionale e determina i criteri e fissa le direttive per l'organizzazione e il coordinamento delle attività che comunque la riguardano. Il segretario è nominato fuori dal suo seno e partecipa alle sedute. Durante la Presidenza Cossiga, con D.P. 17 gen. 1986, n. 24, la Segreteria del Consiglio supremo di difesa, composta dal segretario del Consiglio e dal dipendente Ufficio di segreteria, è inquadrata tra gli uffici del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica. Il regolamento di attuazione della legge istitutiva del 1950 è approvato con D.P.R. 4 ago. 1990, n. 251: il Consiglio nomina e revoca il suo segretario su proposta del Presidente della Repubblica, d'intesa con il Presidente del consiglio. Il segretario si avvale dell'Ufficio di segreteria, previsto dalla legge del 1950, costituito presso la Presidenza del consiglio. Il D.P. 24 set. 1990, n. 85/N, esclude l'Ufficio di segreteria del Consiglio supremo di difesa dagli uffici del Segretariato generale. Con D.P.C.M. 4 mag. 1992, n. 389, viene emanato il regolamento di organizzazione e di funzionamento dell'Ufficio di segreteria. Il protocollo d'intesa del 31 lug. 2000 tra il Segretariato generale della Presidenza della Repubblica e il Segretariato generale della Presidenza del consiglio, ai sensi dell'art. 10, comma 10, del D.Lgs. 30 lug. 1999, n. 303, stabilisce che l'Ufficio di segreteria del Consiglio supremo di difesa costituisce struttura del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica.
Durante la Presidenza Ciampi, con D.P. 26 lug. 2005, n.60/N, vengono stabilite all'art. 30 le funzioni della Segreteria del Consiglio supremo di difesa: preparazione delle riunioni ed esecuzione delle determinazioni del Consiglio supremo di difesa, nonché supporto conoscitivo e organizzativo.
In base a D.P. 30 mar. 2007, n. 5/N, del Presidente Napolitano, il consigliere del Presidente della Repubblica per gli affari militari assiste il Presidente nelle riunioni del Consiglio supremo di difesa e svolge le attribuzioni conferite dalla legge in vigore al segretario del Consiglio supremo di difesa. Il D.P. 29 lug. 2008, n. 22/N, conferisce al Consigliere per gli affari militari la carica di segretario del Consiglio supremo di difesa e, pertanto, l'ufficio diventa Ufficio per gli affari militari e Segreteria del Consiglio supremo di difesa.
Il Codice dell'ordinamento militare, approvato con D.Lgs. 15 mar. 2010, n. 66, disciplina il Consiglio supremo di difesa.