La definizione di competenze in materia di affari interni si colloca in un quadro di modifiche apportate negli anni 1985-1986 da Presidente Cossiga. Va, tuttavia, rilevato che Einaudi affida a un prefetto l'Ufficio affari generali e, durante la Presidenza Gronchi, la carica di Segretario generale è conferita a un prefetto, il Consigliere Oscar Moccia, e così pure durante la Presidenza Segni, in cui il Segretario generale è il prefetto Paolo Strano e viene affidata anche, per circa un anno, ad altro prefetto la carica di Vice Segretario generale, cui subentra un viceprefetto.
I Presidenti Saragat, Leone e Pertini non dispongono di una figura di raccordo con il Ministero dell'interno. Il Presidente Pertini, con D.P. 1° ott. 1978, nomina invece il Vice Comandante dell'Arma dei carabinieri, Arnaldo Ferrara, Consigliere per i problemi dell'ordine democratico e della sicurezza. Il Consigliere cessa dall'incarico il 3 luglio 1985.
Con la Presidenza Cossiga si attua una rilevante trasformazione. Il D.P. 30 ott. 1985, n. 9, istituisce, "a termine di quanto disposto con D.P.R. 14 ago. 1985" (non numerato), la Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza per l'espletamento dei servizi di protezione e sicurezza del Presidente, del Segretario generale e degli immobili in dotazione; la protezione diretta e immediata del Presidente all'interno del Palazzo e il presidio del Palazzo sono affidati al Comando carabinieri guardie del Presidente. Entrambi dipendono funzionalmente dal Segretario generale o autorità da lui delegata. La Sovraintendenza centrale, che subentra al precedente Ispettorato generale di pubblica sicurezza, è organo del Ministero dell'interno e la sua direzione è riservata a un prefetto, nominato con decreto del Presidente della Repubblica, controfirmato dal Presidente del consiglio e dal Ministro dell'interno. Nel citato Decreto 9/1985 non figura ancora tra gli uffici quello per gli affari interni, ma con decreto in pari data, n. 10, viene nominato un Consigliere per gli affari interni, il prefetto Enzo Mosino, con provvedimento che rientra nell'autonomia del Presidente. Le sue competenze, tese ad assolvere l'attività di informazione e proposta richieste dal Capo dello Stato, vengono definite con D.P. 15 nov. 1985, n. 12: affari relativi all'ecologia e alla protezione civile e rapporti con le amministrazioni competenti; affari relativi alle confessioni religiose ed enti di culto; affari relativi alla tutela dell'ordine pubblico e alla difesa della sicurezza interna ed esterna dello Stato; studi e documentazione sulle materie di competenza; rapporti con la Presidenza del Consiglio dei ministri, con il Ministero dell'interno e, per quanto attiene la materia della sicurezza generale esterna, con il Ministero della difesa, nonché con le altre amministrazioni di competenza. L'Ufficio per gli affari interni risulta istituito con D.P. 1° ott. 1986, n. 18/N, che così riformula le competenze: relazioni in materia di ecologia e protezione civile; relazioni in materia di confessioni religiose e enti di culto; relazioni in materia di tutela dell'ordine e della sicurezza pubblica e della sicurezza dello Stato, in collaborazione, per quanto di competenza, con l'Ufficio per gli affari diplomatici e con l'Ufficio per gli affari militari; ricerca, documentazione e studio nelle materia di competenza; rapporti con la Presidenza del Consiglio dei ministri, con il Ministero dell'interno e con le altre amministrazioni nelle materie di competenza. Dopo l'istituzione di un'apposita Segreteria principale di sicurezza, con D.S.G. 20 ott. 1986, n. 171, all'interno del Gabinetto del Segretario generale, un decreto del mese successivo D.P. 21 nov. 1986, n. 28/N - ridefinisce le funzioni dell' Ufficio per gli affari interni esplicitando i rapporti con le Regioni e gli enti locali: tutela dell'ordine e della sicurezza pubblica e della sicurezza dello Stato, in collaborazione per quanto di competenza, con l'Ufficio per gli affari diplomatici e con l'Ufficio per gli affari militari; governo locale, attività delle Regioni, Province e Comuni ed assetto territoriale, in collaborazione con l'Ufficio per gli affari giuridici; confessioni religiose ed enti di culto; servizi civili; minoranze etniche; ecologia; protezione civile; rapporti con la Presidenza del Consiglio dei ministri, con il Ministero dell'interno e con le altre amministrazioni nelle materie di competenza. Con D.P. 20 apr. 1990, n. 79/N, all'Ufficio per gli affari interni viene attribuita anche la predisposizione della difesa del Palazzo del Quirinale: si stabilisce infatti che, per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni, il Consigliere per gli affari interni ha la direzione funzionale e d'impiego della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza e del Comando carabinieri guardie del Presidente per i servizi di protezione e sicurezza di cui all'art. 20 dello stesso provvedimento. Non si pongono questioni di alternatività o di armonizzazione tra il ruolo del Consigliere per gli affari interni e il prefetto che dirige la Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza, in quanto a quest'ultima è preposto lo stesso prefetto Mosino. Il D.P.R. 28 gen. 1991, n. 39, che regola i servizi di protezione e sicurezza della Presidenza della Repubblica, rinvia in sostanza la questione al nuovo Presidente della Repubblica.
Il Presidente Scalfaro - che per un breve periodo tra l'agosto 1992 e il 1993 conferisce un incarico di Consulente per i problemi della pubblica amministrazione e delle autonomie locali ad Antonio Lattarulo, proveniente dalla carriera prefettizia e suo Capo di Gabinetto quando era Ministro dell'interno - non modifica le competenze dell'Ufficio per gli affari interni che vengono ribadite nel D.P. 24 lug. 1996, n. 83/N: mantiene inoltre nello stesso prefetto, il Consigliere per gli affari interni Vittorio Jannelli, anche la direzione della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza. Il decreto 83/N/1996, per quanto attiene ai servizi di sicurezza, registra la trasformazione del Comando carabinieri guardie del Presidente in Reggimento corazzieri, stabilita con provvedimento del 1992.
Con il Presidente Ciampi, il D.P. 26 lug. 2005, n. 60/N, conferma le funzioni dell'Ufficio per gli affari interni, puntualizzandone ulteriormente le competenze. Al gruppo di funzioni che includono tutela dell'ordine pubblico e della sicurezza dello Stato, rapporti con le autonomie locali, confessioni religiose ed enti di culto, servizi civili, minoranze etniche, ecologia nonché protezione civile, rapporti con la Presidenza del Consiglio dei ministri, con il Ministero dell'interno e con le altre amministrazioni nelle materie di competenza, vengono aggiunte: trattazione di problematiche a contenuto generale rappresentate da soggetti, istituzionali e non, concernenti le materie di competenza; attività conoscitiva e di acquisizione di dati e notizie svolta a supporto di procedimenti istruttori di competenza di altri uffici o servizi; attività di coordinamento, ai soli fini istruttori, con il Servizio rapporti con i cittadini per la trattazione di istanze e esposti dei cittadini, riferita alle materie di competenza delle amministrazioni con cui l'Ufficio per gli affari interni corrisponde. Passa all'Ufficio per gli affari interni la Segreteria principale di sicurezza e viene confermata la predisposizione della difesa del palazzo del Quirinale, nonché, per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni, la direzione funzionale e d'impiego della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza e del Reggimento corazzieri per quanto attiene ai servizi di protezione e sicurezza. Nel settennato Ciampi, come in precedenza, fa capo allo stesso prefetto, il Consigliere per gli affari interni Alberto Ruffo, anche la direzione della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza.
Con il D.P. 30 dic. 2008, n. 35/N, del Presidente Napolitano vengono, invece, apportate modifiche sostanziali, non solo perché cambia il nome dell'ufficio in Ufficio per gli affari interni e per i rapporti con le Autonomie, ma perché vi è una ridefinizione delle competenze: a) rapporti con la Presidenza del Consiglio dei ministri, con il Ministero dell'interno e con le pubbliche amministrazioni nelle materie di competenza; acquisizione di informazioni ed elaborazione di dati anche a supporto dei procedimenti di competenza di altri Uffici e Servizi, con predisposizione di dossier specifici; rapporti con le Regioni e le Conferenze Stato-Autonomie; b) relazioni in materia di tutela dell'ordine e della sicurezza pubblica e della sicurezza interna dello Stato, in collaborazione con l'Ufficio per gli affari diplomatici, l'Ufficio per gli affari militari e la Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza; c) attività istruttoria per i viaggi del Presidente della Repubblica in Italia e predisposizione della documentazione di competenza, in collaborazione con l'Ufficio di Segreteria del Capo dello Stato. Vengono, pertanto, sottratte a questo ufficio la Segreteria principale di sicurezza, che passa ad un Funzionario alla sicurezza con apposito incarico dirigenziale, e la predisposizione della difesa del Palazzo del Quirinale; viene meno il riferimento all'autorità che per delega del Segretario generale e secondo le sue direttive e istruzioni aveva la direzione funzionale e d'impiego della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza e del Reggimento corazzieri: l'incarico di Consigliere per gli affari interni e i rapporti con le Autonomie viene conferito a un prefetto, ma ad altro prefetto viene assegnata la direzione della Sovraintendenza centrale dei servizi di sicurezza. Solo sul finire del mandato presidenziale questa carica si riunisce nella persona del Consigliere per gli affari interni e i rapporti con le Autonomie.